우리나라에서 불보살상을 모신 전각이 단층이 아닌 3층 이상의 중층으로 된 경우는 한 손으로 꼽을 정도로 매우 드물다. 쌍봉사 대웅전이 바로 몇 안 되는 중층 전각 가운데 하나다. 3층의 구조이기는 하지만 2층과 3층은 외부에서만 그렇게 보일 뿐 안은 위로 트인 통층(通層)이다. 밖에서 바라보면 흡사 삼층탑처럼 보이는데, 불상을 봉안하고 있으므로 불신을 모신 탑과 의미적으로 그렇게 다를 까닭도 없다. 웅장한 모습도 그러려니와 건축 기술적으로도 고난도 기법이 동원되었으므로 이러한 중층 전각은 건축사적 가치가 높을 수밖에 없다. 이 건축은 1984년에 불타 없어졌다가 1986년에 복원한 것이다.