대웅보전은 앞면 3칸 옆면3칸의 팔작지붕이며, 1702년에 중건되었다. 현판의 ‘대웅보전’ 글씨는 원교(員嶠) 이광사(李匡師, 1705~1777)의 글씨인데 그가 1755년 진도로 유배된 이후 어느 때인가 이곳에 들러 쓴 듯하다. 내부에는 삼세불과 후불탱, 신장탱, 삼장탱이 모셔져 있고, 또한 백련사의 사역을 알려주는 <백련사대법당중수기>와 <해탈문중수기>가 현판형식으로 걸려있다.